Фамилия Комтерин — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Самое вероятное объяснение: она образована от прозвища или профессии, связанной с коммерцией. В основе лежит слово «комтер» — так в некоторых южнорусских и украинских говорах называли мелкого торговца, скупщика или перекупщика. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «Комтерин» буквально значит «сын Комтера» или «человек из семьи Комтера». Модель образования стандартная для русских фамилий от прозвищ на -а/-я (ср. Пушкин — от Пушка, Репин — от Репа).

Менее вероятная, но возможная версия — связь с греческой фамилией Комтерис или Комтерос, которую могли принести в Россию греческие купцы или переселенцы, особенно в Причерноморье и на юге. В этом случае корень восходит к греческому komteros (κομτερός) — «резкий», «острый», но для русской фамилии это скорее экзотика, чем правило. Если бы фамилия была греческой, она чаще сохраняла бы окончание -ос или -ис.

География фамилии узкая. Комтерины встречаются в основном в центральной России и Поволжье, единичные записи есть в старых метрических книгах Саратовской и Тамбовской губерний. Это указывает на крестьянское или мещанское происхождение: торговля и скупка были распространены среди оброчных крестьян и посадских людей.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Комтев, Комтяев, Комтеров — подтверждает, что корень «комт-» в русской ономастике связан с торговлей и промыслом. Фамилия Комтерин недвусмысленно говорит о роде занятий предка: он был человеком, который «комтерил» — торговал, перепродавал, сводил концы с концами на базаре. Никаких дворянских корней или знаменитых носителей за этой фамилией не числится, что делает её типичной для непривилегированных сословий.