Фамилия Комухин — редкий случай, когда основа почти наверняка не имеет отношения к привычным русским именам или ремеслам. В ней слышится что-то диалектное, местное, возможно, даже дразнилка. Словообразовательная модель прозрачна: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?»), а корень комух- — это прозвище. Вопрос в том, что оно означало.

Наиболее правдоподобная версия отсылает к диалектному глаголу «комухать» или «комушить», который в рязанских, тамбовских и владимирских говорах означал «пачкать, марать, делать небрежно». Соответственно, Комуха — прозвище неаккуратного, неряшливого человека или того, кто работает кое-как, «тяп-ляп». В отличие от фамилий вроде Грязнов, где корень прямой, здесь есть оттенок действия: человек не просто грязный, а тот, кто пачкает других или портит дело.

Вторая, менее вероятная версия связывает Комуху с комом. В русских говорах «комуха» иногда называли что-то сбитое, слежавшееся, например, ком земли или снега. Тогда прозвище мог получить плотный, коренастый человек или, наоборот, неуклюжий, «как ком». Но эта гипотеза слабее: глагольная основа «комухать» встречается в словарях чаще и дает более естественную мотивацию для прозвища.

Интересно, что фамилия Комухин не имеет распространенных «двойников» вроде Комухов или Комухинский. Это говорит о том, что она возникла в узком кругу носителей одного говора, скорее всего, в черноземной полосе России. Судя по отсутствию фамилии в старых боярских списках, предки Комухиных были крестьянами или посадскими людьми, которых прозвали за бытовую черту или манеру работы. Фамилия так и осталась локальной — ее носителей и сегодня больше всего в Тамбовской и Липецкой областях.