Фамилию Комухина стоит разбирать через её мужской вариант — Комухин. Это типичная «патронимическая» фамилия, образованная от прозвища или нецерковного имени с помощью суффикса -ин, который указывает на принадлежность: «чей?» — Комухин, то есть сын или потомок человека по прозвищу Комуха. Основа здесь — слово «комуха» или «комух», которое в русских говорах имеет несколько значений, и выбор между ними даёт разные картины происхождения.

Самая прямая версия отсылает к диалектному «комуха» — лихорадка, трясучка, болезнь. В старину такие прозвища давали не в обиду, а как оберег: считалось, что имя-оберег отпугнёт настоящую хворь. Человек по прозвищу Комуха мог быть либо болезненным ребёнком, либо, наоборот, крепким здоровяком, которого «лихорадка не берёт». Второе значение — «комуха» как вид насекомого, мошкары, комариной мелочи — тоже возможно, но менее вероятно для прозвища человека, хотя и не исключено: так могли окрестить надоедливого или мелкого, суетливого человека. Третья, более редкая версия, связывает основу с глаголом «комухать» (качать, укачивать) — тогда прозвище могло относиться к няньке или человеку, который постоянно кого-то баюкал.

Географически фамилия Комухин тяготеет к центральным и южным областям России, где диалектное слово «комуха» было в ходу. Встречается она нечасто, что говорит о её локальном происхождении — скорее всего, от одного прозвища в конкретной деревне или волости. Интересно, что у фамилии есть однокоренные варианты: Комухин и Комухов (с суффиксом -ов), причём второй вариант мог появиться в регионах, где на вопрос «чей?» отвечали не «сын Комухи», а «сын Комыха». Но именно форма на -ин — более древняя и характерная для прозвищ, а не для крестильных имён.

Социальный состав носителей фамилии, скорее всего, был крестьянским или посадским: прозвища, связанные с болезнями или бытовыми чертами, редко встречались у дворянства, которое чаще брало фамилии от поместий или церковных имён. В документах XVII–XVIII веков Комухины могли фигурировать как крепостные или однодворцы в Курской, Воронежской или Тамбовской губерниях — именно там фиксируются следы этого корня. Современная фамилия Комухина сохранила в себе эту бытовую загадку: была ли ваша прародительница «лихорадочной» обережной или просто мошкару гоняла — точного ответа нет, но оба варианта честно отражают народную словесность.