Фамилия Комынина — женская форма, а её мужской вариант — Комынин. В русской традиции фамилии на -ин обычно образуются от основ, оканчивающихся на -а или -я, и указывают на принадлежность: «чей?» — «комынин», то есть сын или потомок человека по прозвищу Комыня.

Ключевой вопрос — что такое «Комыня». В народных говорах слово «ком» имело несколько значений: это и часть чего-то слежавшегося (ком земли, ком снега), и ухабистая кочка на дороге, и, в переносном смысле, неповоротливый, грузный человек. Прозвище Комыня могли дать либо коренастому, плотному мужчине, либо человеку с неровным, «комковатым» характером. В некоторых диалектах «комыня» — это ещё и огрех в работе, недоделка, но такое значение в основе фамилии встречается реже.

Словообразовательная модель здесь простая и распространённая: прозвищная основа Комын- плюс фамильный суффикс -ин. Аналогично образованы фамилии Косынин (от Косыня), Горынин (от Горыня) — все они указывают на характерную черту или внешность родоначальника.

По географии фамилия Комынин встречается преимущественно в центральных и северных регионах России — в Вологодской, Костромской, Кировской областях. Это зона бытования «окающих» говоров, где слово «ком» звучало именно так, без аканья. Встречаются и варианты написания с одной «н» — Комынин и Комынин, но в современном русском языке нормативной считается форма с двумя «н».

Таким образом, предки современных Комыниных, скорее всего, получили фамилию от прозвища основателя рода — человека плотного телосложения или с тяжеловатым, «комковатым» нравом. Фамилия не аристократическая, а крестьянская или посадская, что типично для массы русских фамилий на -ин, возникших в XV–XVII веках.