Фамилия Комзаков образована от прозвища Комзак. В её основе лежит тюркское слово «комза» или «комуз» — так у народов Средней Азии и Поволжья называли струнный щипковый музыкальный инструмент, похожий на лютню или домбру. Человек по прозвищу Комзак мог быть музыкантом, изготовителем таких инструментов или просто любителем игры на комзе. В русских говорах слово «комза» встречалось в значении «бестолковый, суетливый человек» — это вторая возможная версия, хотя она менее вероятна из-за явной тюркской огласовки исходного прозвища.

Суффикс -ов указывает на типичную модель русских фамилий, означающую принадлежность: Комзаков — сын Комзака. Фамилия закрепилась в основном в Поволжье и на Урале, где исторически было сильное тюркское влияние и часты контакты с башкирами, татарами и казахами. Встречаются варианты написания Комзaков (с ударением на второй слог) и Комзакoв (с ударением на третий), но оба восходят к одному корню.

В документах XVII–XVIII веков можно найти упоминания крестьян и посадских людей с такой фамилией в Казанской и Оренбургской губерниях. Сословно Комзаковы чаще всего были государственными крестьянами или однодворцами, реже — купцами. Фамилия редкая даже по меркам нечастых тюркских заимствований: по данным на начало XXI века, в России живёт около 500–600 её носителей, сконцентрированных в Башкортостане и Челябинской области.

Родственная фамилия — Комзин, образованная от той же основы через суффикс -ин. Разница только в патронимическом окончании: Комзин значит «сын Комзы», а Комзаков — «сын Комзака». Обе фамилии не стоит путать с Комиссаровыми — те происходят от латинского commissarius, и корень тут совсем другой.