Фамилия Кондратченко — характерный пример украинской модели фамилии на -енко. Суффикс -енко в украинской ономастике выполнял ту же функцию, что русские -ов/-ев или -ин: он указывал на происхождение по отцу. Буквально Кондратченко — «сын Кондрата» или «потомок Кондрата». Такие фамилии массово закрепились в Поднепровье, на Слобожанщине и Левобережной Украине в XVI–XVII веках, когда отчество на -енко перестало быть временным и стало наследственным.

Основа фамилии — каноническое имя Кондрат. Это народная форма церковного имени Кондратий (от латинского quadraginta — «сорок», что отсылает к сорока дням поста или к памяти сорока севастийских мучеников). В украинской и белорусской среде имя Кондрат было широко распространено, поэтому неудивительно, что от него образовался целый куст фамилий: Кондратюк, Кондратенко, Кондратович, Кондратчик. Кондратченко стоит в этом ряду особняком благодаря редкому суффиксальному варианту: -ченко, а не -енко. Такая форма могла возникнуть из-за того, что в основе лежала уже не прямая форма имени Кондрат, а его уменьшительное или патронимическое производное — например, Кондратко или Кондратец. Тогда Кондратченко — это «внук» или «сын того, кого звали Кондратко».

Географически фамилия тяготеет к центральным и южным областям Украины, особенно к Черкасской, Киевской и Полтавской областям. В России она встречается реже и чаще всего в Краснодарском крае и Ростовской области — результат переселения украинских крестьян в XVIII–XIX веках. Социальный состав носителей был преимущественно крестьянским и казачьим: фамилии на -енко в этой среде вытеснили старые отчества на -ович, которые остались привилегией шляхты и духовенства.

Говорить о точном значении прозвища или роде занятий предка здесь не приходится — фамилия чисто патронимическая. Она ничего не сообщает о ремесле или внешности, только о том, что родоначальника звали Кондрат. Но это не делает её менее интересной: сам факт, что имя Кондрат давало столько разных фамильных форм, говорит о его популярности в народе. Кондратченко — одна из тех фамилий, где суффикс сохранил следы живой разговорной речи, не спрямлённой церковным написанием.