Фамилия Конистаркина — редкий пример, в котором основа просматривается почти прозрачно, а вот суффиксальная часть ставит в тупик. Если отбросить окончание -а, указывающее на женскую форму, перед нами мужской вариант Конистаркин. Сразу бросается в глаза необычный суффикс -арк-, который нехарактерен для русских фамилий, образованных от прозвищ или профессий. Гораздо привычнее были бы формы Конистаров (от «конюх» или «коновал») или Конистарцев. Здесь же мы видим словообразовательную модель, напоминающую скорее фамилии на -ихин/-ыкин, но с другим финальным элементом.

Сам корень — «конистар» — почти наверняка восходит к тюркскому или монгольскому слову «коныстар» (или «куныстар»), что в некоторых диалектах означало «смотритель коней», «табунщик» или «коневод». В степных регионах, где русские фамилии нередко вбирали в себя тюркскую лексику, такое прозвище могли дать человеку, который пас лошадей или отвечал за их здоровье. Однако суффикс -к- в русской передаче мог возникнуть из-за того, что исходное слово воспринималось как имя собственное: Конон, Коноста, а затем к нему добавили типичный русский фамильный суффикс -ин. То есть Конистаркин — это буквально «сын Конистара», где Конистар — личное прозвище, а не должность.

География фамилии, судя по скудным данным переписей, сосредоточена в Поволжье и на Урале — в зоне активных контактов русского населения с башкирами, татарами и казахами. Это косвенно подтверждает тюркское происхождение основы. Встречаются варианты написания с одной «н» (Конистаркин) и с двумя (Коннистаркин), что типично для фамилий, записанных на слух. Социальный контекст: предки носителей фамилии, скорее всего, были не крепостными крестьянами центральной России, а вольными поселенцами, казаками или ямщиками — людьми, чья жизнь была тесно связана с лошадьми. Никаких дворянских родов с такой фамилией в исторических документах не зафиксировано, что тоже говорит о её простонародном, профессиональном корне.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Конищев, Конин, Конаков) показывает, что Конистаркина стоит особняком: если большинство «конских» фамилий образованы от русского слова «конь» с простыми суффиксами, то здесь мы имеем дело с заимствованным термином, переосмысленным как прозвище. Это делает фамилию своеобразным маркером: она указывает не просто на род занятий, а на культурную границу, где русский язык переплетался с тюркским, а лошадь была не средством передвижения, а основой хозяйства.