Фамилия Конистаркин — один из тех случаев, где за привычным русским суффиксом скрывается неочевидная, почти иноязычная основа. Самая вероятная версия происхождения — не от слова «конь» и не от «старки» (бабки или старой вещи), а от прозвища, связанного с конопляным маслом. В южнорусских и украинских говорах «конистарка» (или «конистерка») — это деревянная или металлическая посудина, куда сливали конопляное масло после отжима. Прозвище Конистарка могли дать либо тому, кто делал такую посуду (бондарю), либо самому маслобойщику, либо человеку, который торговал маслом. Фамилия образована по стандартной русской модели: основа Конистарк- плюс суффикс -ин, указывающий на принадлежность: «чей?» — Конистаркин, то есть сын или потомок Конистарки.

Менее распространённая, но не лишённая оснований версия отталкивается от диалектного слова «конистарь» — так на юге России могли называть конокрада (от «конь» и «тарить» — таскать, воровать). В этом случае фамилия — от прозвища с ярко выраженной негативной окраской, что для крестьянской среды было обычным делом: прозвища давали по поступкам, а не по профессии. Однако в пользу первой гипотезы говорит то, что в словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) модель «ремесло + инвентарь» встречается чаще, чем прямые криминальные прозвища, и лучше вписывается в словообразовательную цепочку: суффикс -ар- (-арк-) характерен для названий лиц по занятию.

Фамилия редкая и географически привязана к югу России и востоку Украины. Встречается в Курской, Воронежской, Ростовской областях, а также в казачьих старицах Кубани. В XIX веке носители фамилии числились в основном государственными крестьянами и однодворцами — то есть людьми, которые не были крепостными, а несли повинности в пользу государства. Однодворцы особенно часто сохраняли в фамилиях следы прозвищ, связанных с хозяйственным бытом, что косвенно подтверждает «маслобойную» версию.

В написании фамилии возможна путаница: в старых метрических книгах встречаются варианты «Конистаркын» (с «ы» после «к» по старой орфографии) и «Конисторикин» (под влиянием аканья). Но современное ударение устойчиво падает на последний слог — Конистарки́н.