Фамилия Конодыба — редкий случай, когда корень говорит сам за себя, но расшифровать его не так-то просто. В основе лежит глагол «конодыбить», который в южнорусских и украинских говорах означал «беспокоить, тревожить, донимать». В словаре Даля зафиксировано слово «конодобить» — «суетиться, хлопотать без толку», а также «конодоб» — хлопотун или беспокойный человек. Фамилия, скорее всего, образовалась от прозвища: Конодыба — тот, кто суетится, не сидит на месте, либо же надоедливый, приставучий человек.

Суффикс -а в фамилии указывает на украинскую или южновеликорусскую модель образования. Это не отчество, а прямое прозвище в именительном падеже: так могли назвать человека в быту, а затем прозвище закрепилось за его потомками. Формы на -а в фамилиях такого типа встречаются у украинцев, а также у жителей Курской, Воронежской, Ростовской областей. В пользу украинского происхождения говорит и характерное окончание: в русском языке подобные прозвища чаще переходили в фамилии через суффиксы -ов или -ин (Конодыбов, Конодыбин), а здесь — чистая основа.

Встречается и версия, связывающая фамилию с диалектным «конодоба» — вид телеги или саней, но это менее убедительно. Слово «конодоба» в значении «повозка» фиксируется в некоторых говорах, однако прозвища по названиям транспортных средств редки и обычно относятся к мастеру, их делавшему, а не к самому предмету. Первая версия — от глагола со значением «беспокоить» — подкрепляется тем, что в ономастике прозвища по характеру и поведению встречаются значительно чаще, чем по неодушевлённым предметам.

Фамилия очень редкая. В современных базах данных она встречается единично, преимущественно на юге России и в восточных областях Украины. Поскольку прозвище не связано с сословной принадлежностью, предки-носители фамилии могли быть и крестьянами, и казаками, и мещанами — прозвище давали за манеру поведения, а не за род занятий.