Фамилия Кондыба — нестандартный случай. В ней нет типичного русского фамильного суффикса (-ов, -ев, -ин), поэтому она сохранилась в исходной, прозвищной форме. Скорее всего, перед нами не «Кондыбов», а именно Кондыба — фамилия, которая закрепилась без изменений, как, например, Сковорода или Паливода.

В основе фамилии лежит прозвище Кондыба. Наиболее убедительная версия связывает его с украинским словом «кандиба» — так называли слабую, измождённую лошадёнку, клячу. Прозвище могли дать либо владельцу такой лошади, либо, в переносном смысле, слабому и немощному человеку. Вторая версия отталкивается от просторечного глагола «кандыбать» — прихрамывать, идти медленно, с трудом. В этом случае прозвище Кондыба закреплялось за хромым или медлительным человеком. Оба объяснения сходятся в одном: прозвище описывало физическую слабость, неловкость или неказистость.

Географически фамилия тяготеет к украинским и южнорусским говорам, где слово «кандиба» было в ходу. Встречается она и в форме Кондыбов — результат поздней русификации, когда прозвище «подогнали» под стандартную модель притяжательных фамилий. Но исходный вариант без суффикса — более редкий и архаичный.

О точном времени возникновения фамилии говорить сложно. Процесс закрепления прозвищ в качестве наследственных имён шёл несколько столетий, и Кондыба могла оформиться и в XVII, и в XIX веке. Ясно одно: фамилия эта — не кабинетная, а живая, деревенская, возникшая в среде, где человека характеризовали по внешним приметам или по его хозяйству.