Фамилия Кондыбенко — яркий пример украинской модели фамильного образования, характерной для восточных и центральных регионов. Её основа — прозвище Кондыба, а суффикс -енко, распространённый на Левобережной Украине, буквально означал «сын» или «потомок». Таким образом, Кондыбенко — это буквально «сын Кондыбы», или «маленький Кондыба», что типично для фамилий, возникших из прозвищ в казацкой среде.

Корень «Кондыб-» — один из самых спорных в славянской ономастике. Наиболее вероятная версия связывает его с диалектным украинским словом «кондиба», которое в некоторых говорах означало «неуклюжий, нескладный человек» или «медлительный, задумчивый». Прозвище могли дать человеку с неторопливой походкой или, наоборот, с тяжёлым, «медвежьим» нравом. Менее убедительна гипотеза о тюркском происхождении от слова «kondu» (севший, осевший), хотя контакты с тюркскими народами в степной Украине были часты — но для фамилий с суффиксом -енко такая этимология нетипична.

Интересно, что фамилия Кондыбенко не имеет распространённых вариантов с заменой суффикса (как Кондыбов или Кондыбин). Это говорит о том, что она закрепилась в конкретном роде, вероятно, в среде крестьян или казаков Черниговщины, Полтавщины или Слобожанщины — именно там суффикс -енко был доминирующим в XVII–XVIII веках. Носители фамилии, скорее всего, были потомками одного человека по прозвищу Кондыба, который жил в селе или на хуторе.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Кондыба, Кондыбко, Кондыбенко) показывает, что прозвище было достаточно живучим, но не слишком частым. В современных украинских и российских базах данных фамилия встречается редко, что подтверждает её узколокальное происхождение. Если ваши предки носили эту фамилию, с большой вероятностью они происходят из одного из сёл на границе современных Сумской, Полтавской или Харьковской областей.