Фамилия Кондыбаева — женская форма, а её мужской вариант — Кондыбаев. Это типичная фамилия тюркского происхождения, распространённая в Казахстане и среди народов Средней Азии. Основа фамилии — имя или прозвище Кондыбай, которое состоит из двух частей: «конды» и «бай». Первая часть восходит к тюркскому слову «конды» — «осел», «поселился» или «остановился» (от глагола «кону» — «селиться», «кочевать»). Вторая часть «бай» означает «богач», «господин», «хозяин». Таким образом, имя Кондыбай могло означать «осевший богач» или «богатый поселенец» — прозвище для человека, который прекратил кочевать и основал постоянное жильё, что было значимым событием в кочевой культуре.

Фамилия образована по русской модели с суффиксом -ев, который присоединяется к основам, оканчивающимся на мягкий согласный или «й». В тюркских языках суффикс -ев часто заменяет местные патронимические окончания, так как при русификации фамилий в XIX–XX веках многие казахские имена и прозвища получили русские фамильные суффиксы. Окончание -а в женской форме указывает на принадлежность к роду.

Встречается написание Кондыбаев, реже — Кондыбай (как исходная фамилия без русификации). В ономастических справочниках эта фамилия не описана подробно, но по структуре она типична для южного и западного Казахстана, где распространены фамилии на -баев. Сравните с однокоренными фамилиями Кондыбай, Кондыбаев, а также с более известными Куандыбаев, Садыкбаев — все они образованы от имён с компонентом «бай».

Споров о происхождении фамилии почти нет: корень «конды» прозрачен, а «бай» — один из самых частых компонентов в тюркских фамилиях. Единственная альтернативная версия — связь с этнонимом «конды» (одно из племён в составе казахов или киргизов), но она менее убедительна, так как фамилия чаще фиксируется как личное имя, а не родовое название. Предки носителей фамилии, скорее всего, были скотоводами-кочевниками, которые в какой-то момент осели и стали зажиточными домохозяевами.