Фамилия Кондыбаев — редкий пример русской фамилии, образованной не от славянского, а от тюркского прозвища. Её основа — слово «кондыбай» (или «кундыбай»), которое в казахском, башкирском и татарском языках складывается из двух частей: «конды» (сокращённое от «кундыз» — бобр) и «бай» (богач, хозяин). Буквально прозвище означало «богатый бобрами» или «владелец бобров». В степных и лесостепных зонах бобровый промысел ценился высоко, и такое имя-пожелание могли дать ребёнку, чтобы он вырос удачливым охотником или зажиточным человеком.

Суффикс -ев указывает на русскую адаптацию фамилии. По модели, типичной для XVI–XIX веков, когда тюркские имена русифицировались добавлением патронимического окончания. То есть предок носителя фамилии, скорее всего, был тюркоязычным (казахом, башкиром или татарином), а его потомки, переходя в русскую среду, закрепили фамилию в форме Кондыбаев. Встречается вариант с буквой «у» — Кундыбаев, но он менее частотен.

Географически фамилия привязана к Оренбургской, Челябинской областям и Башкортостану — регионам, где исторически смешивались русское и тюркское население. В документах XVIII–XIX веков Кондыбаевы могли числиться как «служилые татары» или «башкиры-вотчинники», несущие сторожевую службу на границах Российской империи. Никакого отношения к дворянству или казачеству фамилия не имеет — это типичная крестьянская или мещанская фамилия, возникшая на стыке культур.

Есть и альтернативная, но менее убедительная версия: от имени Кондыбай как варианта арабского Кундузбай («бобровый богач»), где «кундуз» — заимствование из персидского. В любом случае, значение одно — указание на промысловое богатство или пожелание достатка. Встречаемость фамилии крайне низкая: по открытым базам данных, в России насчитывается не более нескольких сотен носителей, что делает её локальной и редкой.