Фамилия Кондобаев — редкая и неочевидная по корню. Её основа — «кондоба» — в современных говорах почти не встречается, но оставляет исследователю пространство для версий. Самая вероятная: Кондоба — это вариант прозвища или имени Кондрат (Кондратий), прошедший через народную переработку. В русских диалектах нередко «конд-» появлялось в сокращениях от Кондрат — ср. Кондюк, Кондаков. Суффикс «-ба» мог прирасти уже в прозвищной форме, подобно тому, как от имени Пётр возникло Петроба, а от Фёдор — Федоба. Тогда Кондоба — это просто «Кондрат» в обиходном, чуть искажённом виде.

Вторая гипотеза отсылает к слову «кондовый» — крепкий, прочный, коренной. В северных говорах «кондовый лес» означал старый, плотный бор. Прозвище Кондоба могли дать человеку плотного телосложения или сурового нрава. Однако прямой переход от прилагательного «кондовый» к форме «Кондоба» не совсем типичен для русской антропонимии: чаще встречаются фамилии Кондов, Кондаков (от «кондак» — короткая песнь в церковной службе). Поэтому версия с личным именем Кондрат выглядит предпочтительнее.

Фамилия образована по стандартной модели: прозвище Кондоба + патронимический суффикс «-ев» (после мягкого или шипящего звука). То есть Кондобаев — «сын Кондобы». В документах XVII–XVIII веков подобные фамилии фиксировались преимущественно у крестьян и посадских людей, реже у служилых. Сословная принадлежность предков Кондобаевых, скорее всего, крестьянская или однодворческая.

Географически фамилия тяготеет к центральным и северным областям России. Встречается в Тверской, Ярославской, Костромской губерниях, а также на Урале — там, где оседали выходцы из северных уездов. В современном справочнике «Фамилии России» Кондобаев не относится к массовым, число носителей не превышает нескольких сотен человек. Это фамилия, не успевшая «расплодиться» за счёт ветвления родов, что говорит о её локальном происхождении — вероятно, от одного прозвища в конкретной волости.

Однокоренные фамилии — Кондобин, Кондюков, Кондаков — разошлись по разным словообразовательным моделям, но все могут восходить к тому же корню «конд-». Встречаются также украинские и белорусские варианты Кондоба, Кондобань, но для русской фамилии Кондобаев характерна именно «-ев»-форма.