Фамилия Кондобаева образована от мужского имени или прозвища Кондобай. Чтобы понять её происхождение, нужно разобрать составные части. Основа «Конд-» восходит к тюркскому корню «конды» (قوندى) — «остановился, поселился» или к имени Конды, которое давали ребёнку, родившемуся во время остановки в пути. В тюркских языках, особенно татарском и башкирском, такие имена были распространены у кочевых народов: они фиксировали обстоятельства рождения.

Вторая часть — «-бай» (باي) — означает «богач, хозяин, господин». В дореволюционной ономастике это был титул или почётное добавление к имени, указывавшее на достаток или уважение. Таким образом, Кондобай — это сложносоставное имя: «богач, остановившийся (поселившийся)» или «оседлый хозяин». Встречаются и параллельные формы — фамилия Кондобаев, с тем же корнем, но без суффикса -а, что характерно для более поздних русифицированных вариантов.

Суффикс «-аев» указывает на русскую модель образования фамилий от тюркских основ. Типичный способ: к тюркскому имени на согласный (Кондобай) добавляли русский патронимический суффикс «-ев» (сын Кондобая). Форма Кондобаева — женская, но корень тот же. Географически фамилия встречается в Поволжье, на Урале и в Сибири — регионах, где исторически жили татары, башкиры и другие тюркские народы, смешавшиеся с русским населением.

Стоит отметить, что в русских документах эта фамилия могла записываться по-разному: через «о» или «а» (Кондабаев), с двойным «б» или без него. Но написание «Кондобаев» фиксируется в метрических книгах XIX века, например, в Оренбургской губернии. Род занятий предков — скорее всего, крестьяне или казаки, так как фамилия не дворянская и не купеческая, а бытовая, от прозвища. В целом, Кондобаева — это фамилия, которая хранит память о тюркском происхождении и оседлом укладе жизни, когда человек «пристал» к земле и стал хозяином.