Фамилия Кондабаева женская, мужской вариант — Кондабаев. В основе лежит тюркское или монгольское личное имя или прозвище Кондабай, где «конда» чаще всего означает «кожа» или «кожаный», а «бай» — «господин», «богач», «хозяин». Получается «кожаный бай» или «господин с кожей» — возможно, прозвище кожевника, торговца кожами или человека, носившего характерную кожаную одежду.

Модель образования типична для русских фамилий тюркского происхождения: к основе Кондабай добавили русский патронимический суффикс -ев (аналог -ов после мягкого согласного «й»). Фамилия закрепилась среди народов Поволжья, Урала и Сибири — у татар, башкир, казахов, а также у русских, живших с ними в соседстве. Встречается в Оренбургской, Челябинской областях и Башкортостане.

Вторая, менее вероятная версия связывает «конда» с диалектным русским словом «конда» — смолистая древесина хвойных деревьев. Тогда Кондабай — прозвище смолокура или лесоруба, работавшего с кондовой сосной. Однако тюркское объяснение надёжнее: суффикс -бай в русских фамилиях почти всегда указывает на восточное имя.

Сравните с однокоренными фамилиями: Кондаков (от «кондак» — церковное песнопение), Кондауров (от тюркского «кондаур» — «темнокожий»). Кондабаев стоит особняком — редкий случай, когда основа не адаптировалась через русский суффикс, а сохранила исходную тюркскую форму с «бай».