Фамилия Кондаева образована от мужского имени или прозвища Кондай. В основе, скорее всего, лежит тюркское слово «кондай» — так в Сибири и в Поволжье называли служилого человека, сборщика податей или мелкого чиновника. В некоторых говорах «кондай» означало «крепкий, коренастый», но основная версия связана именно с социальным статусом: предок-Кондай мог быть приказчиком, толмачом или человеком, состоявшим на государевой службе.

Суффикс -ев указывает на принадлежность: Кондаева — «дочь или жена Кондая». Модель типична для русских фамилий, но сама основа — неканоническое имя, не из святцев. Это значит, что фамилия сложилась в среде, где церковные имена не вытеснили мирские прозвища, — скорее всего, в XVI–XVII веках в районах активных контактов с тюркским населением.

Географически фамилия тяготеет к югу России и Сибири. Встречается у донских и кубанских казаков, а также в бывших астраханских и оренбургских землях. Это косвенно подтверждает версию о «служилом» происхождении: предки-Кондаевы могли нести сторожевую или ясачную службу на границах Московского государства.

Иногда фамилию пытаются связать с греческим именем Кондак (от «кондак» — церковное песнопение), но это менее вероятно: греческие корни дали бы форму Кондаков, а не Кондаев. Разница в суффиксе принципиальна. Так что для Кондаевой основная линия — тюркское прозвище по должности или внешности, закрепившееся в русской среде.