Фамилия Колондаева — редкий случай, когда географическая привязка оказывается едва ли не надёжнее, чем разбор самого корня. Если отбросить натяжки, у этой фамилии есть две основные версии происхождения, и обе заслуживают внимания, но одна заметно правдоподобнее.

Самый прямой путь — через диалектное слово «колонда» или «колондай». В северных и сибирских говорах так могли называть неуклюжего, нерасторопного человека, а также — что важнее — бродягу или поселенца, «колониста» в искажённом народном произношении. В XIX веке переселенцев в Сибирь нередко называли «колонками» или «колондами», а фамилия Колондаев (и его женская форма Колондаева) могла закрепиться за потомками таких людей. Подтверждение этому — заметная концентрация фамилии в Томской, Кемеровской областях и Алтайском крае, где проходили основные потоки крестьянской колонизации. Получается, предок был не просто носителем прозвища, а человеком, чей статус «новосёла» или «ссыльного» стал родовым именем.

Вторая версия, менее вероятная, но лингвистически допустимая, выводит фамилию из тюркского «колон» (смысл — «столб» или «веха») с добавлением русского суффикса -дай, характерного для некоторых прозвищ. Однако в этом случае логичнее ждать фамилию Колондаев, а не Колондаев — ударение бы сместилось. Кроме того, в русских фамилиях суффикс -дай встречается редко и почти всегда связан с глагольными основами (типа «гуляйда» от «гулять»), а не с тюркскими заимствованиями.

Словообразовательная модель проста: основа «Колонда» (прозвище) + типичный русский патронимический суффикс -ев (фонетический вариант -ов после мягких или шипящих). Форма Колондаева — женская, образована по тому же правилу, что и мужская. Суффикс -ев указывает на принадлежность: «сын (или дочь) Колонды».

В дореволюционных переписях фамилия встречается почти исключительно в крестьянской среде, без следов дворянского или купеческого происхождения. Это косвенно подтверждает «переселенческую» версию: фамилию носили люди, чьи предки были либо вольными хлебопашцами, осваивавшими новые земли, либо государственными крестьянами, сосланными за Урал. В отличие от многих фамилий на -ов/-ев, которые могут иметь несколько равноправных этимологий, здесь выбор невелик: либо прозвище по характеру, либо метка географии. Данные о расселении склоняют ко второму варианту.