Фамилия Кондаев — редкий случай, когда основа, скорее всего, не прозвище, а чужое имя. Сразу главная версия: в её основе лежит тюркское имя Кондай (или Кондей). У татар, башкир и других народов Поволжья это имя означало «бобр» (от «кондыз»). Бобр в традиционной культуре — зверь ценный, символ трудолюбия и достатка, так что имя было почётным и нередким. Носитель такого имени, попав в русскую среду, получал фамилию по отцу: сын Кондая — Кондаев.

Суффикс -ев, а не -ов, указывает, что исходное имя оканчивалось на мягкий согласный или «й». В документах XVI–XVII веков встречаются служилые татары и крещёные мурзы с фамилией Кондаковы, Кондаковы — это та же основа, но с другим суффиксом. Кондаев — более редкий вариант, который мог закрепиться в конкретном роду.

Есть и вторая, менее вероятная версия — от древнерусского нецерковного имени Конда, которое давали ребёнку, родившемуся «с кондачка», то есть с неожиданности или быстро. Но эта гипотеза слабее: имя Конда в источниках почти не фиксируется, а вот тюркские Кондай и Кондей — вполне реальные антропонимы.

Географически фамилия разбросана, но заметно тяготеет к регионам бывшего Казанского ханства и южным губерниям: Пензенской, Саратовской, Самарской. Там в XVII–XVIII веках оседали служилые татары и крещёные инородцы, получавшие фамилии по отцовским именам. Встречается Кондаев и у донских казаков — возможно, потомков тех же выходцев.

Крестьянских или дворянских ветвей фамилии не прослеживается: носители — в основном однодворцы и государственные крестьяне. Это значит, что предки не были крепостными, а несли службу или платили подать напрямую казне.