Фамилия Кондарев образована от прозвища Кондарь, и её происхождение неоднозначно — исследователи предлагают несколько версий, каждая из которых возможна по-своему.

Наиболее вероятная гипотеза связывает прозвище с румынским словом condei — «грифель, карандаш», а также «письмо». В этом случае Кондарь — профессиональное прозвище писца или переписчика документов. Такое объяснение выглядит убедительным, поскольку в Молдавии и на юго-западе России, где исторически были сильны румынские и молдавские влияния, подобные прозвища были не редкостью.

Согласно другой версии, корень фамилии уходит в чувашский язык, где кандарь означает «конопля». Тогда прозвище Кондарь мог получить человек, занимавшийся выращиванием конопли, изготовлением из неё ткани, пеньки или масла. Это ремесленное прозвище — один из распространённых типов русских фамилий, указывающих на род занятий.

Третья, менее распространённая гипотеза возводит прозвище к кавказскому слову кондари — так называют пряность чабер. В этом случае прозвище могло быть связано с торговлей пряностями или особенностями вкусов предка.

С точки зрения словообразования фамилия типична для русского ономастикона: суффикс -ев указывает на принадлежность («чей?»), то есть Кондарев — «сын Кондаря». Фамилия не относится к числу самых частых, но встречается в разных регионах, что подтверждает множественность возможных корней. Какую из версий считать главной — зависит от конкретной семейной истории и географии предков.