Фамилия Кондаров — относительно редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Самая вероятная версия связывает её с тюркским словом «кондыр» или «кондур», что означает «бобр» или «выдра». В русских говорах это слово прижилось в форме «кондарь» — так в некоторых регионах называли охотника на бобра или, шире, зверолова, промышлявшего пушниной. Соответственно, Кондаров — это потомок человека по прозвищу Кондарь, то есть профессионального охотника.

Фамилия образована по самой распространённой в России модели: к основе на -арь прибавился патронимический суффикс -ов. Если бы прозвище звучало как Конда, фамилия была бы Кондин, но суффикс -арь (как в словах «гончар», «звонарь») указывает на род занятий. Поэтому Кондаров — это буквально «сын Кондаря», «из рода Кондарей».

Менее убедительна, но возможна связь с гидронимом — названием реки Конда, которая протекает в Ханты-Мансийском автономном округе. В этом случае фамилия могла возникнуть у переселенцев, которых прозвали по месту жительства: «кондарский», а в просторечии — Кондаров. Однако такая версия выглядит натянутой: обычно фамилии от названий рек образуются через суффикс -ский (Кондинский), а не через -ов.

Иногда Кондаров путают с Кондратовым или Кондратьевым, но это разные фамилии. В основе Кондратова — каноническое имя Кондратий, а в основе Кондарова — прозвище или профессия, не имеющие отношения к церковному именослову.

Географически фамилия Кондаров встречается разрозненно, без ярко выраженного гнезда, что тоже говорит в пользу «охотничьей» версии: профессиональные прозвища такого типа могли возникнуть независимо в разных местах, где промышляли бобра. Сословного барьера у фамилии не было — прозвище Кондарь мог получить как крестьянин, так и служилый человек, если его ремесло было связано с пушным промыслом.