Фамилия Кондарин — редкий случай, когда географическая привязка почти наверняка перевешивает попытки вывести фамилию из прозвища. Самая вероятная версия: она образована от названия реки Кондары, протекающей в Пермском крае. В этом регионе, на стыке Удмуртии и Пермской области, речка Кондара (приток Сивы) дала название деревням Кондарино и Кондары. Житель этих мест — кондаринец, а в просторечии — Кондара, откуда и пошла фамилия с типичным патронимическим суффиксом -ин, означающим «чей?» (чей сын? — Кондарин).

Суффикс -ин в данном случае указывает на принадлежность к конкретному месту или роду, а не на отчество от крестильного имени. Если бы основой было имя Кондарь (гипотетическая краткая форма от Кондратий), фамилия звучала бы как Кондарев. Разница в суффиксах — ключевой аргумент: -ев/-ов крепятся к основам на твердый согласный, -ин — к основам на -а/-я. «Кондара» заканчивается на -а, поэтому логично дает Кондарин.

Менее убедительная, но допустимая версия связывает фамилию с прозвищем Кондара. В южнорусских говорах «кондара» могло означать «скряга» или «упрямый человек», но это значение не закрепилось в письменных источниках и выглядит натяжкой. Скорее всего, прозвище вторично по отношению к топониму: человека, пришедшего с Кондары, так и кликали — Кондара.

С точки зрения социальной истории, фамилия Кондарин почти наверняка крестьянская. Пермские земли активно заселялись в XVI–XVII веках черносошными (государственными) крестьянами, и фамилии там часто образовывали от названий рек и урочищ. В списках Пермской губернии XIX века Кондарины встречаются, но не образуют густых гнезд, что говорит о локальном, а не массовом расселении.

Отдельного упоминания заслуживает написание: фамилию легко спутать с Кондорин (от кондор — птица), но это разные корни. Ударение, судя по говорам Прикамья, падает на второй слог: Конда́рин.