Фамилия Кондубаев звучит непривычно для русского уха, и это подсказка: её корни, скорее всего, не славянские, а тюркские. Если разобрать её по составу, основа «Кондубай» и суффикс «-ев» (указывающий на принадлежность, буквально «сын Кондубая») ведут нас в степные регионы. Наиболее вероятная версия — происхождение от тюркского мужского имени Кондубай, где «конду» может означать «пришёл», «поселился» или быть частью сложного имени, а «бай» — «господин», «богач», «хозяин». Таким образом, имя Кондубай могло значить «пришедший господин» или «ставший богатым», а фамилия — «потомок того, кого звали Кондубаем».

География фамилии тоже подтверждает тюркское происхождение. Кондубаевы встречаются в Казахстане, Башкортостане, Татарстане и среди ногайцев. В русских документах фамилия могла закрепиться за счёт татарских или башкирских родов, которые переходили на русскую службу или переселялись в центральные губернии. Суффикс «-ев» вместо «-ов» здесь не случаен: в тюркских фамилиях, адаптированных к русской модели, мягкое окончание основы (на -й) требует именно «-ев», а не «-ов». Это грамматическая деталь, которая сразу отличает фамилию от, скажем, Кондубаров, если бы такая существовала.

Есть и более редкая, но правдоподобная версия: основа «кондуба» могла быть прозвищем. В некоторых тюркских диалектах «кондуба» — человек, который «садится не на своё место» или «пристаёт с расспросами», то есть назойливый. Однако прозвища такого типа редко становились основой для фамилий, поэтому версия с личным именем Кондубай остаётся основной. В словаре тюркских имён можно найти параллели, например, имя Кундубай (от «кун» — солнце), но написание с «о» в первом слоге характерно для башкирской и татарской фонетики, где звук «у» под влиянием соседних согласных иногда переходит в «о».

Сословно первые носители фамилии, скорее всего, не были знатью. В тюркской среде фамилии на «-бай» часто давали людям среднего достатка или зажиточным крестьянам, а не аристократам. В метрических книгах XIX века Кондубаевы могли записываться как «служилые татары» или «государственные крестьяне» в Оренбургской, Уфимской или Казанской губерниях. После революции фамилия не исчезла, но осталась относительно редкой — её носители разъехались по стране, сохранив связь с исходным именем предка.