Фамилия Кендыбаева — женская форма фамилии Кендыбаев, и её происхождение уводит нас в казахскую и тюркскую среду. В основе лежит сложное имя или прозвище Кендыбай, где первая часть «кенды» (кенде) в тюркских языках может означать «пуповина», «родной», «кровный», а вторая часть «бай» — «богатый», «хозяин», «господин». Таким образом, имя Кендыбай могло даваться ребёнку, которого считали особенно родным, или же оно имело охранительное значение: считалось, что имя, связанное с пуповиной (символом жизни и связи с родом), защитит младенца от болезней и злых духов.

Образование фамилии типично для казахской ономастики: к основе Кендыбай добавляется русский патронимический суффикс -ев (вариант -ов после мягких и шипящих), который в XIX–XX веках при оформлении документов часто присоединяли к тюркским именам. Фамилия Кендыбаев (и, соответственно, Кендыбаева) распространена в Казахстане, особенно в южных и западных областях, где сохранились родоплеменные названия и традиция именования по предкам.

Встречаются разные варианты написания — Кендыбаев, Кендибаев, Кендебаев. Разница в гласной («ы» или «и») связана с особенностями произношения в разных диалектах казахского языка и с тем, как записывало имя русское чиновничество при переписях. Носители фамилии могут быть потомками скотоводов или земледельцев, поскольку имя Кендыбай не указывает на конкретное сословие или ремесло, а скорее на личное качество или семейную традицию имён.