Фамилия Кундыбаева — женская форма фамилии Кундыбаев. Это фамилия тюркского происхождения, типичная для народов Средней Азии и Казахстана. Её основа — сложносоставное мужское имя Кундыбай, которое разбирается на две части: «кунды» и «бай».

Первая часть, «кунды», скорее всего, восходит к тюркскому слову «кун» (солнце, день) или к глагольной форме со значением «будет днём», «светлый». В казахском языке есть имя Кундыз (бобр, выдра), но в основе Кундыбай чаще видят именно «кун» — солнце, свет. Вторая часть — «бай» (богатый, господин, хозяин) — один из самых распространённых компонентов в тюркских именах, указывающий на пожелание богатства, знатности или статуса.

Таким образом, имя Кундыбай можно перевести как «солнечный богач», «светлый господин» или «богатый, как день». Это имя-пожелание, типичное для доисламской и раннеисламской тюркской ономастики, где ребёнка называли, желая ему счастливой, светлой и обеспеченной жизни.

Фамилия образована по русской модели с суффиксом -ев (от основы на «й»: Кундыбай → Кундыбаев). В казахской среде фамилии такого типа закрепились в основном в XIX–XX веках, в период массовой фиксации имён в метрических книгах и советских документах. Носители фамилии Кундыбаева — это потомки человека по имени Кундыбай, жившего, вероятно, в одном из казахских родов (жузов) или среди киргизов, башкир, татар.

Географически фамилия встречается преимущественно в Казахстане (особенно в южных и западных областях) и среди казахской диаспоры. В России она редка. Сословной принадлежности у фамилии нет: «бай» в имени не обязательно указывает на реальное богатство предка — это распространённый пожелательный элемент, который мог получить сын и бедняка, и зажиточного скотовода.