Фамилия Кономопуло — один из тех случаев, когда по написанию сразу можно определить происхождение: перед нами греческая фамилия, и не просто греческая, а с характерным суффиксом -пуло. В греческом языке суффикс -πουλος (-pulos) означает «сын» или «потомок», примерно как русское -ович или грузинское -дзе. Поэтому Кономопуло дословно — «сын Коноса», где Конос — это греческое личное имя, сокращённая форма от имени Константинос (Константин). В бытовой греческой традиции такие сокращения были обычны: Костас, Конос, Конас.

Фамилии на -пуло особенно распространены на Пелопоннесе и среди греков, живших в Османской империи. В XIX веке, после русско-турецких войн и присоединения Новороссии, многие греки переселились в Российскую империю — в Одессу, Таганрог, Мариуполь, Крым. Именно тогда фамилии вроде Кономопуло и закрепились в русском языке, часто потеряв ударение на последний слог (в греческом оригинале ударение падает на -пу́ло). В русской среде фамилию могли записывать и с окончанием -ов: Кономопулов, но форма на -о осталась основной.

Если отбросить суффикс, остаётся корень Коно-, который восходит к Константину. Имя Константин в византийской и греческой традиции было одним из самых распространённых, особенно после переноса столицы в Константинополь (город Константина). Так что предки носителя фамилии Кономопуло, скорее всего, были греками-понтийцами или материковыми греками, носившими имя Конос, и их потомки получили фамилию по отцу. В России эта фамилия остаётся редкой, её можно встретить в основном в южных портовых городах и среди потомков греческих переселенцев.