Фамилия Кононец восходит к очень распространенному в старину мужскому имени Конон. Оно имеет греческое происхождение и переводится на русский язык как «трудящийся, трудолюбивый». Скорее всего, основатель рода Кононца был представителем привилегированного сословия.