Фамилия Кононец образована от мужского имени Конон, которое пришло на Русь вместе с христианством из Византии. Греческое слово κόνων (konon) означает «трудящийся», «трудолюбивый». В святцах почитается несколько святых с этим именем, поэтому оно было хорошо знакомо нашим предкам.

Словообразовательная модель Кононец — одна из самых характерных для украинских, а также южнорусских и белорусских фамилий. Суффикс -ец указывал на принадлежность или происхождение: так называли человека, связанного с кем-то или чем-то. В данном случае Кононец — это «сын Конона» или «человек из рода Конона». Аналогичным образом появились фамилии Иванец, Степанец, Романец.

Вопреки распространённому мнению, фамилии на -ец не обязательно указывают на крестьянское происхождение. В Малороссии, где эта модель особенно популярна, носителями таких фамилий были и казаки, и мещане, и представители духовенства. Скорее всего, основатель рода Кононца не был простым землепашцем: имя Конон в XVII–XVIII веках чаще встречалось среди грамотных слоёв населения — священников, писарей, ремесленников.

Географически фамилия Кононец сегодня встречается преимущественно на Украине (особенно в Черкасской, Полтавской и Киевской областях), а также в приграничных районах России и в Беларуси. Встречаются и варианты написания — Кононець (с мягким знаком на конце), что выдает украинское происхождение.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Кононец стоит в одном ряду с Кононовым (типично русская форма на -ов) и Кононенко (украинская модель на -енко, означающая «потомок»). Разница в суффиксах отражает не только региональные традиции, но и социальные нюансы: фамилии на -ец в некоторых местностях могли давать детям священников, тогда как на -енко — казацким детям.