Фамилия Кононець — яркий пример украинской модели образования фамилий, которая редко встречается в русском ономастиконе. Её основа — каноническое имя Конон (от греческого «конос» — труд, усердие или «конон» — коротышка), а суффикс -ець указывает на происхождение отца или принадлежность к роду. В украинской традиции суффикс -ець (как в фамилиях Григорець, Василець) выполнял ту же роль, что русские -ов/-ев или -ин: «Кононець» буквально означает «сын Конона» или «маленький Конон». Это отчество, которое со временем закрепилось как фамилия.

Географически фамилия Кононець тяготеет к западным и центральным регионам Украины, особенно к Волыни, Подолью и Галичине. В русских переписных книгах и ревизских сказках XIX века она почти не фиксируется, что подтверждает её украинское происхождение. Если предки носителя фамилии жили на территории Российской империи, то, скорее всего, в юго-западных губерниях — Киевской, Подольской, Волынской.

В отличие от распространённой русской фамилии Кононов (с суффиксом -ов), форма Кононець сохранила архаичную уменьшительно-притяжательную модель, характерную для украинской антропонимии. Интересно, что в польском языке существует аналогичная фамилия Kononiec, что связано с историческими контактами украинских и польских земель. В документах XVIII–XIX веков можно встретить варианты написания — Кононец, Кононецъ, но современная украинская орфография закрепила мягкий знак на конце.

Социальный статус первых носителей фамилии, скорее всего, был крестьянским или казацким. Имя Конон в народной среде не было редким, но и не входило в десятку самых популярных, поэтому фамилия Кононець не относится к массовым. Её носители — потомки людей, которых в быту называли по отцу: «чей ты? — Кононцев», а в украинском варианте — «Кононець». Сегодня эта фамилия встречается в Украине, а также среди украинской диаспоры в Канаде, США и Аргентине.