Фамилия Конотовская — это классический пример «географической» фамилии, которую образовали от названия населённого пункта. Самый известный топоним в этом ряду — город Конотоп в Сумской области Украины. Поселение на этом месте основали украинские казаки в начале XVII века, а первое упоминание о городе датируется 1635 годом. В 1642 году здесь построили крепость, которую назвали по речке Конотопка. Под городом в 1659 году состоялась Конотопская битва между татарско-казацким войском гетмана Выговского и московским войском князя Трубецкого.

Сам топоним «Конотоп» — не чисто славянский. Исследователи связывают его с польским словом «конот» — «место, где держали (разводили) коней». В пользу этой версии говорит и то, что в Польше, а также в Брестской и Гомельской областях Белоруссии, в Житомирской области Украины существуют сёла и деревни с тем же названием. То есть фамилия Конотовская могла возникнуть в разных регионах независимо — везде, где был свой Конотоп.

Морфологически фамилия образована через суффикс -овск-/-евск-, который в восточнославянской традиции типичен для «дворянских» или шляхетских фамилий, указывающих на владение землёй или родовое поместье. Однако на практике Конотовскими становились не только помещики, но и крестьяне, которых записывали по месту жительства. Фамилия закрепилась в женской форме «Конотовская» (от мужской Конотовский), что характерно для польской и украинской традиции, где окончание -ая в русском языке соответствует -ская.

Вероятно, основатель рода родился или долгое время жил в одном из населённых пунктов под названием Конотоп. Потомок человека, которого называли «Конотовый» (то есть выходец из Конотопа), со временем получил фамилию Конотовский. Таким образом, фамилия не рассказывает о роде занятий предка, но точно указывает на его малую родину — место, где разводили коней, где кипели казацкие страсти и где разыгралась одна из самых кровавых битв XVII века.