Фамилия Конотовский — типичный пример «географической» фамилии, образованной по модели, распространённой в польской и украинской шляхетской среде. В основе лежит название населённого пункта, а суффикс -ский указывал либо на дворянское происхождение, либо на принадлежность к определённой местности. В случае с Конотовскими исходным топонимом, скорее всего, стал Конотоп — город в Сумской области Украины, основанный казаками в начале XVII века.

Название города, а вслед за ним и фамилия, скорее всего, восходит к польскому слову «конот» — так называли место, где держали или разводили коней. Это логично: на окраинах Речи Посполитой коневодство было важным занятием, а подобные «конские» топонимы встречаются нередко. Впервые Конотоп упоминается в 1635 году, а в 1642-м здесь построили крепость, названную по речке Конотопка. Именно под этим городом в 1659 году произошла знаменитая Конотопская битва, где войско гетмана Выговского вместе с татарами разбило московское войско князя Трубецкого.

Но не стоит думать, что все Конотовские обязательно родом с Украины. Населённые пункты с названием Конотоп разбросаны по всей бывшей Речи Посполитой: их можно найти в Брестской и Гомельской областях Белоруссии, в Житомирской области, а также в самой Польше. Поэтому предок-основатель фамилии мог происходить из любого такого места. Фамилия закрепилась за потомком человека, которого прозвали Конотовым — то есть «выходцем из Конотопа», а затем, по польской традиции, к основе добавили шляхетский суффикс -ский.

Интересно, что в русской среде фамилия Конотовский встречается реже, чем украинские или белорусские варианты вроде Конотоп или Конотопенко. Это подсказывает, что носители фамилии, скорее всего, происходят из тех регионов, где была сильна польская ономастическая традиция — то есть с запада современной Украины, из Беларуси или из бывших польских земель.