Фамилия Копейкина — женская форма фамилии Копейкин. В её основе лежит прозвище Копейка. Самая распространённая версия связывает его с монетой: Копейкой могли назвать запасливого человека, который бережёт каждую мелкую деньгу. Но это не единственное и не самое древнее объяснение.

В старину существительное «копейка» имело и другие значения. Одно из них — «воин, вооружённый копьём» или «мастер, который делает копья». В этом случае прозвище указывало на род занятий предка. Менее вероятно, что Копейкой прозвали человека невысокого роста, по аналогии с маленькой монеткой. В словарях встречается и значение «крестьянин, имевший "душу" земли» или просто «работник». Какую из этих версий считать верной для конкретной семьи, уже не установить, но все они возможны.

Словообразовательная модель проста: к основе Копейк- добавился суффикс -ин, который в русских фамилиях указывал на принадлежность — «чей сын?» — «Копейкин». Форма Копейкина означает «дочь или жена Копейкина». Фамилия имеет ту же природу, что и однокоренные Копейко, Копейкин, Копейченко, но отличается по суффиксу, характерному для центральных и северных областей России.