Фамилия Кордунський — редкий случай, когда географическая привязка почти наверняка перевешивает все остальные версии. Это типичная фамилия на -ський (польский или украинский вариант суффикса -ский), которая указывает на происхождение от топонима — названия места. Человек, получивший такую фамилию, скорее всего, был выходцем из населённого пункта Кордун.

Где искать этот Кордун? Наиболее вероятный кандидат — Кордун, историческая область в центральной Хорватии (граница с Боснией). Название региона происходит от венгерского «kordun» — «кордон», «пограничная линия». В XVI–XVII веках это была зона Военной границы Габсбургов, где жили хорваты, сербы и влахи, нёсшие сторожевую службу. Если предки носителя фамилии переселились оттуда на украинские или польские земли, фамилия могла закрепиться как указание на их прежнюю родину.

Менее вероятная, но возможная версия — местный топоним на территории современной Украины или Польши. Например, в польских источниках встречается село Кордун (Kordun) в бывшем Люблинском воеводстве, а также урочища с таким названием. В этом случае фамилия образована по той же модели: «тот, кто из Кордуна».

Сама основа «кордун» в славянских языках — тёмная. Она не связана с распространёнными прозвищами от профессий или внешности. В украинских говорах слово «кордун» могло означать «кордон», «граница» или «шнур» (от нем. Kordel), но как прозвище это встречается редко.

Фамилия Кордунський — штучная, локальная. Её носители — это, скорее всего, потомки одного человека или одной семьи, которая когда-то переселилась из хорватского или польского Кордуна. Суффикс -ський в украинской традиции часто указывал на шляхетское или казацкое происхождение, но в данном случае он просто выполняет топонимическую функцию, без сословного подтекста.