Фамилия Кошбагарова — тюркская по происхождению, что сразу заметно по корню и характерному суффиксу. В основе лежит мужское имя Кошбагар, которое образовано слиянием двух тюркских слов: «кош» (в разных диалектах — «пара», «вместе», «кочевье», «стоянка») и «багар» (вариант слова «бахир» — «смотрящий», «взирающий», или же «богатырь» в искажённой форме). Самый вероятный смысл составного имени — «смотрящий за стоянкой» или «тот, кто охраняет кочевье». В тюркской среде такие имена-пожелания давали мальчикам, чтобы они выросли надёжными защитниками рода или хозяйства.

Фамилия образована по русской модели: к основе Кошбагар добавили суффикс -ов, а затем женское окончание -а. То есть Кошбагарова — это форма женского рода, а мужской вариант — Кошбагаров. Такое оформление типично для фамилий народов Поволжья, Кавказа и Средней Азии, которые вошли в российское подданство и получили документы на русском языке. В отличие от исконно русских фамилий на -ин, здесь суффикс -ов присоединили к тюркскому имени без изменений, что указывает на позднюю фиксацию — скорее всего, в XIX–XX веках.

Географически фамилия встречается преимущественно среди народов, говорящих на кыпчакских языках: казахов, узбеков, каракалпаков, а также у татар и башкир. Встречается и у азербайджанцев, но реже — там распространены формы с другим суффиксом. В России носители Кошбагаровых сосредоточены в Астраханской области, Башкортостане и Оренбуржье, что совпадает с историческими маршрутами кочевых скотоводов.

Спорных версий у фамилии немного. Иногда корень «кош» путают с арабским «куш» (птица) или «кош» в значении «двойной», но для антропонима «Кошбагар» эти толкования слабые — они не объясняют вторую часть имени. Правдоподобнее всего связь с бытовым прозвищем человека, отвечавшего за порядок на кочевье или за перегон скота. Социально предки Кошбагаровых вряд ли относились к знати: такие «охранительные» имена давали простым скотоводам, а не ханам или баям.

В написании фамилии возможна вариативность: Кошбагаров / Кош-Багаров / Кошбагяров (с мягким «г» в азербайджанской передаче). Но в русских документах закрепился именно вариант через «а» — Кошбагаров, что подтверждает его адаптацию к русской орфографии.