Фамилия Кошенинников — редкий случай, когда суффиксальная цепочка длиннее, чем корень. Здесь целых три суффикса: -ин, -ник и -ов. Такая конструкция указывает на то, что фамилия образовалась не напрямую от прозвища, а через промежуточную фамилию или отчество. Скорее всего, сначала появилась фамилия Кошенин, затем от неё — Кошенинников, то есть «сын Кошенина» или «внук Кошенина». Двойной суффикс -ин-ник-ов — типичная модель для русских фамилий, возникших из отчеств на -ин, к которым добавили -ник для обозначения принадлежности, а затем уже -ов.

Основа — «кошенина». В русских говорах это слово имело несколько значений, и все они связаны с бытом. Самое вероятное — кошенина как «скошенная трава», сено. В таком случае Кошенинников — потомок человека по прозвищу Кошенин, которое могли дать косцу, сенокосцу или тому, кто владел покосом. Менее распространённое, но тоже возможное значение — «кошенина» как «кошачья шкура» или «мех кошки». Тогда прозвище могло относиться к скорняку, выделывавшему дешёвый мех, или к человеку, носившему такую одежду. Третья версия, более спорная, — от диалектного «кошенина» в значении «плетёная корзина» (кошёвка), что указывало бы на корзинщика.

Интересно, что фамилия Кошенинников почти не встречается в центральных областях России. Основной ареал её бытования — север и северо-восток: Вологодская, Архангельская, Кировская области и Пермский край. Это косвенно подтверждает версию с сеном: в северных регионах сенокос был жизненно важным промыслом, и прозвища, связанные с ним, давали часто. Кроме того, в тех же краях встречаются однокоренные фамилии — Кошенин, Кошенинов, Кошеничкин. Все они восходят к одному корню, но Кошенинников выделяется своей громоздкой формой, что могло возникнуть из-за бюрократической записи: когда в переписных книгах к отчеству Кошенинов сын добавляли уточнение «Кошенинников» для отличия от однофамильцев.

Сословная принадлежность носителей фамилии, судя по архивным данным XIX века, — в основном государственные крестьяне. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано. Это типичная крестьянская фамилия, образованная от прозвища по занятию или бытовой детали, без претензий на знатность.