Фамилия Кошокина — женская форма от Кошокин, и её разговорный вариант с ударением на второй слог (Кошо́кин) встречается чаще, чем на первый. Основа фамилии — прозвище или мирское имя Кошо́к, за которым стоит не одно, а два возможных объяснения, и оба живые.

Первая версия — диалектная. В южнорусских и среднерусских говорах (особенно рязанских, тамбовских, курских) «кошок» — это кот, котик. Слово образовано от «кош» (ср. «кошка») с уменьшительным суффиксом -ок. Прозвищем Кошок могли назвать человека за мягкость, ласковость, или, напротив, за привычку жить сам по себе, как кот-гуляка. В старых переписных книгах XVII века встречаются записи вроде «Кошок Иванов сын», что подтверждает бытование такого имени.

Вторая версия — тюркская. В языках Поволжья и Кавказа есть основа «кошок» (кушак, куша́к) — пояс, кушак. В русских говорах слово «кошок» фиксируется как «ремень, опояска». Прозвище Кошок мог получить мастер, делавший пояса, или человек, носивший заметный, богатый кушак. Эта версия объясняет фамилию в регионах с сильным тюркским влиянием — на юге, в Астраханской губернии, на Урале.

Фамилия образована по продуктивной модели: основа Кошок + суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Кошока). Такие фамилии в XVI–XVII веках закреплялись за крестьянами и посадскими людьми. В дворянской среде Кошокины почти не встречаются — это фамилия простонародная, ремесленная.

Сейчас фамилия редкая. По открытым данным, больше всего Кошокиных живёт в Волгоградской и Астраханской областях, а также в Башкортостане. Встречаются варианты написания Кошокина и Кошокина (с ударением на последний слог) — но это уже искажение при переписи или в документах.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Кошев, Кошкин, Кошкаров) показывает, что Кошокин стоит особняком: в нём не «кошка» и не «кош», а именно «кошок» — форма, которая вышла из живого языка почти повсеместно, сохранившись только в фамилии.