Фамилия Кошокин — редкий случай, где на первый план выходит не географическая привязка, а морфологическая загадка. В русских фамилиях суффикс -ин указывает на принадлежность к предку, чьё имя или прозвище оканчивалось на -а или -я: Кошокин буквально означает «сын Кошака» или «человек из рода Кошока». Но проблема в том, что имя Кошок в известных святцах не встречается, а прозвище с таким окончанием — редкость.

Наиболее вероятная версия: основа Кошок- — это диалектная или искажённая форма слова «кошак» (кот). В южнорусских и украинских говорах «кошак» — обычное название кота, а прозвище Кошак давали либо человеку с кошачьими повадками (хитрому, ласковому, ленивому), либо тому, кто промышлял ловлей котов или их шкурами. Тогда Кошок — это уменьшительно-ласкательный вариант: «маленький котик», «котёнок». Фамилия могла возникнуть как Кошокин, то есть «сын Кошка», а потом окончание -ин закрепилось по аналогии с другими фамилиями.

Есть и вторая, более спорная гипотеза: связь с тюркским корнем кошок — «двойной», «парный», или с карачаево-балкарским словом къошокъ — «домик», «шалаш». В этом случае фамилия могла принадлежать потомку переселенца из тюркской среды, но отсутствие распространённости фамилии в регионах Поволжья и Северного Кавказа делает эту версию менее убедительной. Скорее всего, перед нами чисто русская фамилия, образованная от шутливого или бытового прозвища.

С точки зрения сословной истории, Кошокины — скорее всего, крестьянский или мещанский род. В дореволюционных справочниках эта фамилия встречается эпизодически, в основном в центральных губерниях России, и не связана с дворянскими династиями. Сегодня носителей фамилии немного, и они рассеяны по всей стране, что типично для прозвищной фамилии, не привязанной к конкретному селу или городу.