Фамилия Кошонин — редкий случай, когда в основе лежит не имя и не профессия, а, скорее всего, прозвище, связанное с бытовым или диалектным словом. Принадлежит к типичной русской модели с суффиксом -ин, который указывает на принадлежность: «чей?» — Кошонин, то есть сын или потомок Коши (Коши, Кошона). Первое, что приходит на ум, — связь с «кошка», но здесь не всё так прямо.

В русских говорах, особенно северных и сибирских, слово «коша» означало не только кошку, но и небольшой загон для скота, шалаш или плетёную корзину (от «кош» — корзина, плетёнка). Прозвище Коша или Кошоня мог получить человек, который плёл корзины, строил загоны, либо же тот, кто жил в тесноте, как в шалаше. Есть и другая версия: в некоторых диалектах «коша» — это скупой, прижимистый человек (от «кош» — мешок, кошель). То есть прозвище могло закрепиться за бережливым хозяином.

Интересно, что фамилия Кошонин не связана с уменьшительной формой имени Константин (Костя, Коша) — там обычно образуются фамилии Кошин, Кошечкин, но не Кошонин. Суффикс -он-ин здесь указывает на основу «Кошоня» (сравните: Кошоня — Кошонин, как Савоня — Савонин). Это характерно для окающих говоров, где «а» после шипящих переходит в «о». Поэтому географически фамилия тяготеет к северу и центру России: возможны корни в Архангельской, Вологодской или Костромской губерниях.

В исторических документах фамилия встречается редко, что подтверждает её локальный и неродовой характер. Носители Кошонины — это, скорее всего, потомки крестьян или ремесленников, которых прозвали за конкретную черту характера или занятие. Дворянских ветвей с такой фамилией не зафиксировано. В современной России Кошонины живут в основном в центральных областях, но численность их невелика — фамилия остаётся на грани исчезновения.