Фамилия Кошоев — один из примеров того, как тюркское имя, попав в русскую среду, обрастает славянским суффиксом и становится привычной для уха фамилией. Основа здесь — личное имя Кошой, которое восходит к тюркскому слову «кош» (пара, чета, двойня). В прошлом так могли назвать одного из близнецов или, по народной примете, ребёнка, родившегося «в пару» к кому-то. Вторая версия, менее распространённая, связывает имя с тюркским «кошу» (присоединять, прибавлять) — прозвище могли дать приёмному ребёнку или тому, кто «пристал» к семье.

Русский суффикс -ев указывает на принадлежность: Кошоев буквально означает «сын Кошоя». Такая модель типична для регионов, где русская администрация фиксировала фамилии у тюркоязычных народов — в Поволжье, на Урале, в Сибири. У башкир, татар или казахов имя Кошой (иногда как Кушой) встречалось, но фамилия закрепилась уже в российских документах, чаще всего в среде крестьян или казаков, где требовалась чёткая запись по отцу.

Родственные фамилии — Кошев, Кошуков, Кошкаров — имеют разную этимологию, и путать их с Кошоевым не стоит. Ударение в фамилии, скорее всего, падает на второй слог — Кошо́ев, хотя в устной речи возможны варианты. Сведений о старинном дворянском роде Кошоевых нет: фамилия бытовала в простонародной среде и не попала в родословные книги империи.

Сегодня Кошоевых больше всего в Киргизии и прилегающих регионах России — в Оренбургской области и Башкортостане. Это логично: имя Кошой до сих пор встречается у киргизов и башкир, а суффикс -ев выдаёт позднюю, уже русскую запись фамилии.