Фамилия Косяченко — яркий пример украинской модели образования фамилий. Суффикс -енко (с ударением на «о» в основе) в XVI–XVII веках был главным маркером потомка: он буквально означал «сын» или «маленький». В этом смысле Косяченко — «сын Косяка». Модель настолько массовая, что охватила все сословия на Левобережной и Слободской Украине, поэтому искать здесь указание на дворянство или крестьянство не стоит — фамилия могла закрепиться за кем угодно.

В основе лежит прозвище Косяк. Слово многозначное, и, как верно заметил В. Даль, его значения разбегаются в разные стороны. С одной стороны, это «косой ломоть» или «клин земли» — здесь прозвище мог получить землемер или человек, владевший неудобным, клинообразным наделом. С другой — «лоскуток» или «вставка в подоле рубашки»: так могли окликнуть портного или того, кто носил одежду из лоскутов. Есть и третья линия: «косяк» — это дверная или оконная рама, а значит, прозвище могло закрепиться за плотником-столяром.

В ономастике обычно отдают предпочтение версии, связанной с ремеслом или характерным предметом, а не с внешностью. Для украинских фамилий на -енко типична именно профессиональная основа (ср. Коваленко, Шевченко, Тесленко). Поэтому наиболее правдоподобно, что первый Косяк был либо землемером, отмерявшим косые участки, либо плотником, делавшим косяки для дверей и окон.

Фамилия редкая для России, но встречается в Черниговской, Полтавской и Сумской областях Украины — на территории бывшей Гетманщины, где фамилии на -енко были основным типом. В русских переписных книгах XVII века она не фиксируется, что подтверждает её позднее (по меркам истории фамилий) и исключительно украинское происхождение.