Фамилия Котушенок — редкий пример, где суффикс уже подсказывает географию. Окончание -енок характерно для белорусской и западнорусской модели образования фамилий. В центральной России чаще встречались бы Котов или Котушев, а здесь — уменьшительно-ласкательный формант, указывающий на потомка или младшего члена семьи: «чей?» — «Котушенок», то есть сын или внук Котуша.

Основа фамилии — прозвище Котуш. В ономастике это уменьшительная форма от имени Кот. Но важно не путать: Кот в древнерусских прозвищах — не всегда животное. Чаще так называли хитрого, ловкого или вороватого человека, реже — того, кто торговал котами (шкурками). Словарь Веселовского фиксирует прозвище Кот у новгородских бояр XV века, а суффикс -уш- (Котуш) даёт ласкательный или пренебрежительный оттенок: «маленький кот», «котёнок». Возможно, прозвище получил невысокий или юркий человек.

Есть и вторая версия, менее вероятная, но не исключённая: связь с диалектным словом «котушка» — катушка, моток ниток. В этом случае прозвище мог получить ткач или прядильщик. Однако фамилии от ремесленных терминов обычно образуются через суффикс -ник (Котушник), а не -енок. Поэтому версия с прозвищем Котуш — основная.

Фамилия редкая. В современных базах данных Котушенок встречается преимущественно в Витебской и Могилёвской областях Беларуси, а также среди переселенцев в Сибири. Это подтверждает белорусское происхождение: именно в этих землях модель на -енок была самой распространённой формой патронима. В России фамилию могли адаптировать в Котушенков, но исходный вариант сохранился у тех, кто не попал под русификацию фамилий в XIX веке.

Сословно Котушенки, скорее всего, были крестьянами или мещанами. Дворянских родов с такой фамилией не известно — суффикс -енок редко встречается в фамилиях шляхты, которая предпочитала формы на -ович или -ский. Так что предки носителя фамилии — простые люди, которых прозвали по характеру или внешности: шустрых, невысоких или хитроватых.