Фамилия Котюжинский — редкий пример, где географическая привязка почти наверняка перевешивает прозвищную гипотезу. Суффикс -ский указывает на дворянское или шляхетское происхождение, но чаще — просто на связь с местом: так называли человека, владевшего имением или жившего в населённом пункте с похожим названием. В данном случае это, скорее всего, выходец из деревни или усадьбы Котюжино (или Котюжин). Подобные топонимы встречаются в западных регионах бывшей Российской империи — на территории современной Беларуси, Украины и в Смоленской области России. Основа «Котюж-» могла произойти от прозвища Котюга или Котюжа — так в юго-западных говорах могли называть кота, а в переносном смысле — хитрого или ленивого человека. Менее вероятна, но возможна связь с диалектным глаголом «котюжить» (стучать, колотить или, в некоторых говорах, плутовать).

В отличие от фамилий на -ов или -ин, которые образуются от имени отца (чей сын?), Котюжинский — это «тот, кто из Котюжин». Такая модель особенно характерна для польской и западнорусской шляхты, где фамилия фиксировала владение хутором. Если предок не имел земли, а просто переехал из деревни Котюжино, то суффикс всё равно сохранялся — в XIX веке такие «географические» фамилии часто давали семинаристам или крестьянам при переписи.

Однокоренные фамилии — Котюжин (без суффикса -ский, более простая, «деревенская» форма) и Котюгов (от того же прозвища, но с другим суффиксом). Встречаемость Котюжинского крайне низкая: носители сосредоточены в основном в Беларуси (Минская, Витебская области) и на границе Брянской и Смоленской областей России. Спорных версий происхождения немного — прозвищная от «кота» и топонимическая от «Котюжино» конкурируют, но вторая убедительнее из-за суффикса -ский, который редко цепляли к прозвищу без места.