Фамилия Ковакова — женская форма, а мужская, Коваков, образована по простой и прозрачной модели: от прозвища или имени Ковак с помощью типичного русского патронимического суффикса -ов. Ключевой вопрос — что скрывается в основе «Ковак».

Самая вероятная версия связывает корень с глаголом «ковать». В южнорусских и украинских говорах «ковак» — это кузнец, человек, работающий с металлом. Фамилия, таким образом, оказывается профессиональной: предок носителя был кузнецом. Это объясняет и географию: фамилия Коваков чаще встречается в областях, граничащих с Украиной, а также в казачьих регионах (Кубань, Дон). Интересно, что в польском и белорусском языках «kowal» (кузнец) дало фамилии Коваль, Ковалевский, а «ковак» — более редкая, диалектная форма того же корня.

Есть и другая, менее распространённая версия. В некоторых славянских говорах «ковак» могло быть прозвищем упрямого, «крепкого» человека — по аналогии с твёрдостью металла. Но профессиональное значение убедительнее: кузнечное дело было повсеместным, и именно прозвища по ремеслу чаще всего закреплялись как фамилии.

Обратите внимание на суффикс -ак. Он характерен для украинской и белорусской ономастики (сравните: Козак, Гайдамак). В русской среде такие основы часто «обрусевали» добавлением -ов, превращаясь в фамилии типа Коваков. То есть перед нами типичный случай, когда южнославянская или западнославянская основа получила великорусское фамильное окончание.

Фамилия редкая, в общероссийских списках не входит даже в первую тысячу. Среди известных носителей нет громких исторических фигур — это фамилия людей из крестьянской или ремесленной среды, которые в XIX веке получили её при переписях населения. Ударение, скорее всего, падает на второй слог: Ковако́ва, хотя в бытовой речи возможны варианты.