Фамилия Кованешников — одна из тех, где за привычным звучанием скрывается неочевидная словообразовательная цепочка. На первый взгляд корень «кован» наталкивает на мысль о кузнечном деле (ковать), но суффиксы подсказывают более сложный путь. В фамилии отчётливо выделяется суффикс -ешник-, который в русских фамилиях встречается нечасто и обычно указывает на прозвище, образованное от названия блюда или предмета быта через суффикс -ешник (ср. Блинников, Калашников). Основа здесь — «кован», то есть «кованый», но не в прямом смысле «выкованный из металла», а как прозвище человека, имевшего отношение к кованой утвари или, что вероятнее, к кованым изделиям.

Самая правдоподобная версия: фамилия восходит к прозвищу Кованешник. В русских говорах «кованец» или «кованик» могли называть кованый сундук, кованую шкатулку или даже кованый гвоздь. Соответственно, Кованешник — это мастер, который делал такие кованые вещи, или же человек, торговавший ими. Суффикс -ешник в этом случае действует как уменьшительно-профессиональный, аналогично тому, как Скорняжников образовано от «скорняк». Фамилия, таким образом, относится к группе «ремесленных» фамилий, но с более узкой специализацией, чем просто Кузнецов.

Менее вероятна связь с именем Кован (от канонического Косма или от диалектного «кован» — коварный, хитрый). В этом случае суффикс -ешник был бы нехарактерен — от имени обычно образовывали фамилии через -ов/-ев или -ин (Кованов, Кованин). Поэтому версия с ремеслом выглядит убедительнее.

Географически фамилия редкая и тяготеет к южнорусским и украинским регионам, где суффикс -ешник встречается чаще (например, фамилия Калашников распространена повсеместно, но её южный вариант — Каланешников — фиксируется в воронежских и ростовских говорах). Кованешниковы, скорее всего, происходят из среды мастеровых людей — кузнецов, слесарей, жестянщиков, которые специализировались на изготовлении кованой посуды, сундуков или деталей телег. В документах XVII–XVIII веков такая фамилия могла записываться как Кованешников или Кованешник, а в более ранних переписях — как прозвище Кованешник без фамильного суффикса.