Фамилия Коваников — редкий пример, когда прозвище, связанное с кузнечным делом, получило нестандартное оформление. В основе лежит слово «кованик» или «кованник». В русских говорах так называли не просто кузнеца, а человека, который занимался холодной ковкой, изготовлением мелких металлических изделий — гвоздей, скоб, подков. В некоторых регионах слово «кованик» имело и второе, переносное значение: крепкий, жилистый мужчина, «кованый» здоровьем.

Самое интересное в этой фамилии — её суффикс. Вместо привычного -ов мы видим -иков. Такая модель встречается реже и обычно указывает на то, что прозвище было образовано через промежуточную форму: сначала от «кованик» появилось отчество «Коваников сын», а затем оно закрепилось как фамилия. То есть предок носителя фамилии был сыном человека по прозвищу Кованик. Для сравнения: фамилия «Ковалёв» образована напрямую от «коваль», без этого промежуточного звена.

Географически фамилия тяготеет к южнорусским и украинским землям, где кузнечное ремесло было особенно развито, а суффикс -ик в прозвищах встречался чаще, чем на севере. Встречаются варианты написания с одной «н» — Коваников, и с двумя — Кованников. Двойное «н» могло появиться под влиянием слова «кованный» (то есть выкованный), но исторически более правильным считается вариант с одной буквой.

Других версий происхождения, например от тюркских корней или от имени Кован, нет — они не подтверждаются ни географией фамилии, ни словообразовательной логикой. Перед нами чисто ремесленное прозвище, которое закрепилось в необычной для русского уха форме.