Фамилия Кованикова — женская форма мужской фамилии Коваников, которая образовалась от прозвища или профессии предка. В её основе лежит корень «кован-», напрямую связанный с кузнечным делом: ковать, кованый. Перед нами типичная отремесленная фамилия, указывающая на то, что основатель рода занимался обработкой металла. Однако интерес представляет не столько корень, сколько суффиксальная модель.

В отличие от распространённых фамилий на -ов/-ев (Ковалёв, Кузнецов) или -ин (Ковальковин), здесь мы видим суффикс -ик- и окончание -ов. Такое сочетание встречается реже. Суффикс -ик в русских фамилиях мог выполнять две функции: либо уменьшительно-ласкательную (Кованик — «маленький кузнец» или сын кузнеца), либо указывать на принадлежность к определённой группе людей (например, «кованик» — человек, связанный с ковкой). В любом случае, Кованик — это прозвище, которое затем через патронимический суффикс -ов превратилось в фамилию: «чей?» — Коваников.

Географически фамилия Коваников (и её женская форма) тяготеет к южнорусским и украинским регионам, где суффикс -ик особенно продуктивен. На Украине и в южных областях России прозвища с этим суффиксом давали не только по профессии, но и по характерной черте внешности или поведения. Однако для Кованикова профессиональная версия — основная и наиболее правдоподобная. Кузнецы на Руси были уважаемыми людьми, часто — зажиточными и грамотными, поэтому предок с таким прозвищем мог быть не рядовым крестьянином, а мастером, владевшим горном и наковальней.

Встречается также редкая версия, что корень мог быть связан с диалектным словом «кованик» — так в некоторых говорах называли конскую подкову или железную оковку. В этом случае прозвище могло перейти на человека, который изготавливал или ставил подковы, то есть на кузнеца-коновала. Но это лишь уточнение, а не альтернатива: суть остаётся той же — предок работал с металлом.