Фамилия Ковнир — редкий пример, когда прозвище, скорее всего, указывало не на профессию или внешность, а на географическое происхождение. В её основе лежит старое название литовского города Каунас — Ковна. Выходец оттуда мог получить прозвище Ковнир, то есть «тот, кто из Ковны». Сам топоним восходит к балтийскому корню со значением «низкое, топкое, болотистое место» — город действительно стоит у слияния двух рек на низменности.

Модель образования здесь нестандартная: не типичные русские суффиксы -ов/-ев или -ин, а продуктивный для украинской и белорусской среды суффикс -ир. Он встречается в фамилиях, образованных от названий мест (ср. Ковнир, Токарь, Кобзарь), и часто указывает на человека по месту жительства или роду занятия. В украинской ономастике такие формы не редкость, что подтверждает и самый известный носитель фамилии — Степан Демьянович Ковнир (1695, село Гвоздов, ныне Киевская область). Он был крепостным Киево-Печерской лавры, но вошёл в историю как самобытный зодчий, работавший в стиле украинского барокко. Его постройки до сих пор можно увидеть на территории Лавры.

В XX веке фамилию прославила Алла Григорьевна Ковнир — русская актриса, родившаяся в Подмосковье. Она снималась в фильмах «Парижский антиквар», «Сокровища мертвых», «Возвращение Мухтара», «Человек-амфибия» и других. Интересно, что оба известных носителя — выходцы с украинских и центральнорусских земель, хотя корень фамилии тянется в Литву. Это говорит о давних миграционных связях: прозвище Ковнир могли дать человеку, который переселился из-под Каунаса на юг или восток, а затем оно закрепилось как фамилия.

Других версий происхождения, кроме топонимической, ономастика не предлагает. Связь с профессией «ковнир» (например, кузнец по ковке) не подтверждается источниками — такого ремесленного термина в русских говорах не зафиксировано. Так что основная и единственная версия остаётся самой убедительной: предки носителей фамилии когда-то жили в Ковне или имели оттуда прозвище.