Фамилия Ковтаенкова — женская форма фамилии Ковтаенков, и её разбор стоит начать с суффикса, который сразу выдаёт географию. Суффикс -енков характерен для южнорусских и украинских земель, особенно для областей, где исторически смешивались русские и украинские говоры: Курская, Белгородская, Воронежская, а также восток Украины. В отличие от стандартного русского -ов или -ев, форма на -енков указывает на то, что предок носителя жил в зоне влияния украинской ономастики, где патронимы часто образовывались через -енко, а при адаптации к русской системе фамилий к ним добавляли -в. То есть Ковтаенков — это русифицированный вариант украинской фамилии Ковтаенко.

Основа фамилии — Ковтай, Ковтайло или Ковта. Это прозвище, и тут возможны две основные версии. Первая: от глагола «ковтать» — в южных и западных говорах так говорят про глотать, хватать ртом, есть жадно. Прозвище Ковта или Ковтай мог получить человек с характерной манерой есть — торопливо, большими глотками, или же, в переносном смысле, человек, который «глотает» слова, говорит скомкано. Вторая версия менее очевидная, но возможная: связь со словом «ковта» в значении «капля» или «комок» (в некоторых диалектах), что могло быть прозвищем по внешности — например, невысокого, плотного человека.

Сравнение с однокоренными фамилиями показывает, что модель Ковтаенков — не самая массовая. Чаще встречаются Ковтун, Ковтуненко, Ковташ — все они от той же основы, но с разными суффиксами. Ковтаенков — более редкий вариант, сохранивший именно указание на отчество (чей сын? — Ковтаев сын, в украинской огласовке Ковтаенко). Социально предки Ковтаенковых, скорее всего, были крестьянами или казаками из чернозёмных губерний. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано, что типично для фамилий на -енков: они редко поднимались выше мещанского или однодворческого сословия.

В написании фамилии стоит обратить внимание на букву «о» в корне: Ковтаенков, а не Кавтаенков. В документах XIX века могли встречаться варианты через «а» из-за акающего произношения, но норма закрепилась с «о». Женская форма Ковтаенкова не склоняется по правилам русской грамматики, но в быту часто ошибочно считают её неизменяемой — на самом деле она изменяется как обычное прилагательное: нет Ковтаенковой, дать Ковтаенковой.