Фамилия Ковтышняя звучит необычно для русского уха — и это прямой ключ к её происхождению. В ней нет привычных суффиксов -ов или -ин, зато есть окончание -яя, характерное для русских прилагательных женского рода (ср. «пешая», «дворянская»). Такая форма однозначно указывает, что перед нами не исходная фамилия мужчины, а её «жёнская» версия, которая в старых документах закреплялась за женщиной или вдовой: Ковтышняя — «жена или дочь Ковтышнего». Мужская форма, соответственно, Ковтышний.

Основа фамилии — прозвище Ковтыш. Скорее всего, оно восходит к украинскому или южнорусскому диалектному слову «ковтать» — глотать, есть жадно, торопливо. В говорах встречается и «ковт» — глоток, кусок. Тогда Ковтышем могли прозвать человека с быстрой речью, торопливого едока или того, кто говорил «глотая» слова. Есть и другая, менее вероятная версия: связь с «ковш» — в некоторых диалектах «ковтыш» могло быть искажением слова «ковшик». Но первая гипотеза выглядит убедительнее из-за глагольной основы.

Такие фамилии на -ий/-яя особенно распространены на западе и юге России, в бывших чернозёмных губерниях, а также на Украине. В XIX веке их часто записывали в среде крестьян и однодворцев — потомков служилых людей, которые после расширения границ государства осели на южных рубежах. Фамилия Ковтышняя — редкий пример того, как прозвище, данное за манеру поведения, сохранилось в «женской» грамматической форме, которая для современного носителя звучит как самостоятельная, а не производная.