Фамилия Ковынченкова — женская форма, а мужская, Ковынченков, образована по продуктивной модели с суффиксом -ов. Однако здесь интереснее не суффикс, а корень: «ковынч-» встречается нечасто и сразу наводит на мысль о диалектном или искажённом слове. Скорее всего, в основе лежит прозвище Ковынец или Ковынча — так могли назвать человека, который ковыляет, то есть ходит медленно, вразвалку или прихрамывая. Глагол «ковылять» широко распространён в русских говорах, и производные от него фамилии (Ковылев, Ковылин, Ковыльнов) встречаются регулярно. Форма «Ковынченков» выглядит как вариант с диалектным чередованием «л» на «н» или с вставным «н», что характерно для некоторых южнорусских и украинских говоров.

Возможна и другая версия: прозвище могли дать по названию растения — ковыль. В таком случае Ковынченков — это потомок человека по прозвищу Ковынец, то есть «степной, похожий на ковыль» или «живущий в ковыльной степи». Но здесь мешает суффикс -енк-, который обычно указывает на уменьшительно-ласкательную форму: Ковынец → Ковынченко (сын Ковынца). Это типично для украинской или южнорусской модели, где -енко обозначало «маленький» или «сын такого-то». Фамилии на -енков, -енкова — это русифицированный вариант украинских фамилий на -енко, который закрепился при переселении в великорусские губернии или при паспортизации в XIX веке.

Таким образом, предок носителей этой фамилии мог быть выходцем с юга России или Украины, получившим прозвище Ковынец за манеру ходьбы или за связь со степным ландшафтом. Сама фамилия Ковынченкова — не самая частая, и её редкость как раз и объясняется диалектной природой основы: в литературном языке форма «ковылять» дала бы Ковыляев или Ковыльников, а Ковынченков — след конкретного говора.