Фамилия Ковышкина — женская форма, мужской вариант — Ковышкин. В основе лежит прозвище или нецерковное имя Ковышка. Это слово напрямую связано с диалектным «ковышать» — медленно делать что-то, копаться, возиться. В говорах так могли назвать нерасторопного, неторопливого человека, который всё делает обстоятельно, но медленно. Есть и другая версия: в некоторых регионах «ковышать» означало ковылять, ходить с трудом, прихрамывая. Тогда прозвище Ковышка давали человеку с заметной хромотой или тяжёлой походкой.

Суффикс -к- в основе Ковыш-к-а — уменьшительно-ласкательный или пренебрежительный, типичный для русских прозвищ. Такая модель образования характерна для простонародной среды: сначала появлялось уличное прозвище Ковышка, а от него уже в официальных документах — фамилия Ковышкин. Притяжательный суффикс -ин указывает на принадлежность: буквально «сын Ковышки» или «из семьи Ковышки».

Географически фамилия встречается в центральных и северных областях России, особенно в бывших Вологодской, Архангельской и Костромской губерниях. Там диалектное слово «ковышать» было в ходу. Встречаются однокоренные фамилии — Ковышев, Ковыльников, Ковыряев, но Ковышкин стоит особняком: редкий суффикс -ышк- делает её более неформальной, «домашней» по происхождению.

Сословного барьера у фамилии не было. Ковышкины могли быть и крестьянами, и посадскими людьми, и мещанами. В переписных книгах XVII века встречаются отдельные упоминания крестьян Ковышкиных в Заонежских погостах. Фамилия не дворянская, не княжеская — она из гущи народной речи, где прозвище метко схватывало внешность или манеру поведения человека.